Menu

Pracownia Wirusologii

Kierownik

prof. dr hab. Krzysztof Pyrć
e-mail: k.a.pyrc@uj.edu.pl
www: http://www.virogenetics.info
Tel: +48 12 664 61 21
Tel kom: +48 692 696 863
faks: +48 12 664 69 02

Krzysztof Pyrc

 

Zespół

dr Anna Kula-Pacurar
dr Antonina Naskalska
dr Justyna Ciejka
dr Aleksandra Milewska
mgr Michał Burmistrz (doktorant)
mgr Katarzyna Kosowicz (doktorant)
mgr Artur Szczepański (doktorant)
mgr Magdalena Pachota (doktorant)
mgr Paulina Nowak (doktorant)
mgr Agnieszka Dąbrowska (doktorant)
mgr Paweł Botwina (doktorant)
mgr Inga Drebot (Kierownik techniczny Zwierzętarni)
mgr Katarzyna Guła (Specjalista ds zwierząt i badań naukowych w ramach Zwierzętarni)

O nas

Jesteśmy stosunkowo młodą grupą badawczą, która swoją działalność rozpoczęła w 2007 i od tego czasu realizuje badania dotyczące chorób zakaźnych, zarówno w zakresie badań podstawowych (m.in. mechanizmy interakcji patogen-gospodarz), jak i aplikacyjnym (m.in. identyfikacja nowych leków przeciwwirusowych). Nasze doświadczenie obejmuje zarówno metody z zakresu diagnostyki (opracowanie nowych testów molekularnych dla identyfikacji znanych oraz nowych patogenów), jak i badań stricte podstawowych. Do tej drugiej grupy zaliczyć można badania z wykorzystaniem hodowli komórkowych oraz tkankowych, jak również wszelkiego rodzaju badania z wykorzystaniem metod inżynierii komórkowej i genetycznej. W swojej pracy wykorzystujemy liczne narzędzia, włączając w to wektory plazmidowe, retrowirusowe, czy lentiwirusowe. Ponadto, specjalizujemy się w modelach zakażeń wirusami układu oddechowego, włączając w to koronawirusy, ludzkiego metapneumowirusa, czy wirusa grypy.

Międzynarodowe doświadczenie oraz wypracowany w ostatnich latach warsztat badawczy pozwalają nam na prowadzenie badań i pomiarów na najwyższym poziomie, zarówno w formie własnych projektów naukowych, jak i prac zleconych realizowanych we współpracy z największymi firmami przemysłu farmaceutycznego i biotechnologicznego. Obecnie nasze zainteresowania mogą rozwijać się dzięki realizacji projektu Małopolskie Centrum Biotechnologii.

Laboratorium BSL3

W ramach Małopolskiego Centrum Biotechnologii utworzona została pracownia 3 klasy bezpieczeństwa biologicznego, zapewniająca maksymalną ergonomię przy jednoczesnym zapewnieniu bezpieczeństwa zarówno personelowi, jak i okolicznej ludności. Pracownia stworzona została w oparciu o system szczelnych ścian, które pozwalają na utrzymanie gradacji podciśnień zabezpieczających laboratorium. Zdublowany system filtrów HEPA H14, w połączeniu z nowoczesnymi systemami wentylacyjnymi pozwalają na zapewnienie pełnej ochrony. Aby dodatkowo podnieść bezpieczeństwo, cała praca odbywa się w dedykowanych komoraach z systemem indywidualnej filtracji powietrza. W ramach pracowni możliwa jest zarówno współpraca opierająca się na wspólnej realizacji celów naukowych lub komercyjnych, jak również na udostępnianiu powierzchni laboratoriów zainteresowanym grupom badawczym lub jednostkom komercyjnym.

Zwierzętarnia zakaźna ABSL3

W ramach Małopolskiego Centrum Biotechnologii utworzona została również zwierzętarnia ABSL3 dla małych zwierząt. System został zabezpieczony analogicznie do pracowni BSL3 i pozwala na hodowlę około 3000 myszy. Hodowla prowadzona jest w indywidualnie wentylowanych klatkach, co zapewnia bezpieczeństwo personelowi, jak i uniemożliwia transmisję pomiędzy zwierzętami. Zwierzętarnia składa się z trzech laboratoriów: pracowni hodowli zwierząt, sali zabiegowej oraz laboratorium badawczego. Jednostka jest wyposażona w systemy zabezpieczające (m.in., zestaw sterylizatorów przelotowych), jak również systemy pozwalające na odpowiednią opiekę nad zwierzętami. Włączyć w to można chłodzone magazyny paszy, czy systemy mycia klatek i automatyczne systemy dozowania wody. Pomieszczenia są przystosowane do fumigacji gazowej, co zapewnia sterylne warunki pracy dla poszczególnych zespołów badawczych.

Celem istnienia zwierzętarni ABSL3 jest zarówno praca badawcza nad mechanizmami patogenezy, jak i rozwój współpracy z innymi jednostkami naukowymi i komercyjnymi. Wszelkie osoby zainteresowane możliwością wykorzystania potencjału pracowni proszone są o bezpośredni kontakt z kierownikiem Pracowni.

Dalsze Informacje

» Publikacje

  1. Ciejka J, Milewska A, Wytrwal M, Wojarski J, Golda A, Ochman M, Nowakowska M, Szczubialka K, Pyrc K.# (2016) Novel polyanions inhibiting replication of influenza viruses. Antimicrobial Agents and Chemotherapy (AAC). 60(4).
  2. Szczubialka K., Pyrc K., Nowakowska M. (2016) In search for effective and definitive treatment of Herpes Simplex Virus Type 1 (HSV-1) infections. RSC Advances. 6:1058-1075.
  3. Benedyk M., Mydel P., Płaza K., Gawron K., Milewska A., Maresz K., Koziel J., Jotwani R., Pyrc K., & Potempa J. (2016) Gingipains: critical factors in the development of aspiration pneumonia caused by Porphyromonas gingivalis. Journal of Innate Immunity. 8(2). 
  4. Burmistrz M, Dudek B, Staniec D, Rodriguez Martinez JI, Bochtler M, Potempa J, Pyrc K#. (2015). Functional analysis of Porphyromonas gingivalis W83 CRISPR-Cas systems. Journal of Bacteriology. 197(16):2631-41.
  5. Burmistrz M, Pyrc K. (2015). CRISPR/Cas systems in prokaryotes. Polish Journal of Microbiology. 64(3):193-202.
  6. Huang X, Dong W, Milewska A, Golda A, Qi Y, Zhu Q, Marasco W, Baric R, Sims A, Pyrc K, Li W, Sui J. (2015). HCoV-HKU1 Spike protein uses O-acetylated sialic acid as an attachment receptor determinant and employs HE protein as a receptor-destroying enzyme. Journal of Virology. 89(14):7202-13.
  7. Zabieglo K, Majewski P, Majchrzak-Gorecka M, Wlodarczyk A, Grygier B, Zegar A, Kapinska-Mrowiecka M, Naskalska A, Pyrc K, Dubin A, Wahl S, Cichy J. (2015). The inhibitory effect of secretory leukocyte protease inhibitor (SLPI) on formation of neutrophil extracellular traps. Journal of Leukocyte Biology. 98(1):99-106.
  8. Pyrc K. (2015). Ludzkie koronawirusy. Postępy Nauk Medycznych. t. XXVIII, nr 4B, 2015.
  9. Naskalska A, Pyrc K. (2015) Virus Like Particles as Immunogens and Universal Nanocarriers. Polish Journal of Microbiology. 64(1):3-13.
  10. Zuwala K, Golda A, Kabala W, Burmistrz M, Zdzalik M, Nowak P, Kedracka-Krok S, Zarebski M, Dobrucki J, Florek D, Zeglen S, Wojarski J, Potempa J, Dubin G, Pyrc K. (2015) The nucleocapsid protein of human coronavirus NL63. PLoS One.
  11. Milewska A, Zarebski M, Nowak P, Stozek K, Potempa J, Pyrc K. (2014) Human coronavirus NL63 utilize heparan sulfate proteoglycans for attachment to target cells. Journal of Virology. doi: 10.1128/JVI.02078-14.
  12. Gawron K, Łazarz–Bartyzel K, Łazarz M, Stęplewska K, Pyrc K, Potempa J, Chomyszyn–Gajewska M. (2014) In vitro testing the potential of a novel chimeric IgG variant for inhibiting collagen fibrils formation in recurrent hereditary gingival fibromatosis. Journal of Physiology and Pharmacology. In press.
  13. Koziel J, Bryzek D, Sroka A, Maresz K, Glowczyk I, Bielecka E, Kantyka T, Pyrc K, Svoboda P, Pohl J, Potempa J. (2014) Citrullination Alters Immunomodulatory Function of LL-37 Essential for Prevention of Endotoxin-Induced Sepsis. Journal of Immunology. 2014 Apr 25.
  14. Florek D, Burmistrz M, Potempa J, Pyrc K. Stability of infectious human coronavirus NL63 (2014) Journal of Virological Methods. In press.
  15. Maresz K, Hellvard A, Sroka A, Adamowicz K, Bielecka E, Koziel J, Gawron K, Mizgalska D, Marcinska K, Benedyk M, Pyrc K, Quirke A, Jonsson R, Alzabin S, Venables P, Nguyen K, Mydel P, Potempa J. Porphyromonas gingivalis Facilitates the Development and Progression of Destructive Arthritis through Its Unique Bacterial Peptidylarginine Deiminase (PAD). (2013) PloS Pathogens. 9(9): e1003627. doi:10.1371/journal.ppat.1003627.
  16. Pyrc K, Stozek K, Galan W, Potempa J. HexaPrime: a novel method for detection of coronaviruses. (2013) Journal of Virological Methods. 188 (1–2), pp. 29–36 doi: 10.1016/j.jviromet.2012.11.039.
  17. Milewska A, Ciejka J, Kaminski K, Karewicz A, Bielska D, Zeglen S, Karolak W, Nowakowska M, Potempa J, Bosch BJ, Pyrc K#, Szczubialka K. 2012. Novel polymeric inhibitors of HCoV-NL63. Antiviral Research. doi: 10.1016/j.antiviral.2012.11.006
  18. Kantyka T*, Pyrc K*, Gruca M, Smagur J, Plaza K, Guzik K, Zeglen S, Ochman M, Potempa J. Staphylococcus aureus proteases degrade lung surfactant protein A potentially impairing innate immunity of the lung. (2012). Journal of Innate Immunity. doi: 10.1159/345417.
  19. Pyrc K, Milewska A, Kantyka T,  Sroka A, Maresz K, Kozieł J, Nguyen KA, Enghild JJ., Knudsen AD, Potempa J. Inactivation of epidermal growth factor by Porphyromonas gingivalis as a potential mechanism for periodontal tissue damage. (2013) Infection and Immunity, 81(1):55 doi: 10.1128/​IAI.00830-12.
  20. Milewska A, Pyrc K, Human RIG-1/Mda5 and TLR3 signaling pathways and their role in antiviral response during mucosal infections, Recent Research Developments in Virology, (2012) ISBN: 978-81-7895-563-6, Transworld Research Network
  21. Dubin G, Koziel J., Pyrc K., Wladyka B., Potempa J. Bacterial proteases in disease – role in intracellular survival, evasion of coagulation/fibrinolysis innate defenses, toxicoses and viral infections. Current Pharmacuethical Design. [Epub ahead of print].
  22. Dijkman R, Jebbink MF, Deijs M, Milewska A, Pyrc K, Buelow E, van der Bijl A, van der Hoek L. Replication dependent downregulation of cellular ACE2 protein expression by Human Coronavirus NL63. (2012) Journal of General Virology.doi:10.1099/vir.0.043919-0.
  23. Pyrc K, Stozek K, Wojcik K, Gawron K, Zeglen S, et al. Use of Sensitive, Broad-Spectrum Molecular Assays and Human Airway Epithelium Cultures for Detection of Respiratory Pathogens. (2012) PLoS ONE 7(3): e32582. doi:10.1371/journal.pone.0032582
  24. Pyrc K, Strzyz P, Milewska A, Golda A, Schildgen O, Potempa J; 2011; Porphyromonas gingivalis enzymes enhance infection with human metapneumovirus in vitro. Journal of General Virology. 2011 Oct;92(Pt 10):2324-32
  25. Pyrc K, Milewska A, Potempa J; 2011; Development of loop-mediated isothermal amplification assay for detection of human coronavirus-NL63. Journal of Virological Methods. 175(1): 133-136.
  26. Golda A, Malek N, Dudek B, Zeglen S, Wojarski J, Ochman M, Kucewicz E, Zembala M, Potempa J, Pyrc K; 2011; Infection with human coronavirus NL63 enhances streptococcal adherence to epithelial cells. Journal of General Virology. 92(6):1358-68.
  27. Pyrc K, Sims AC, Dijkman R, Jebbink M, Long C, Deming D, Donaldson E, Vabret A, Baric R, van der Hoek L, Pickles R#; 2010; Culturing the Unculturable: Human Coronavirus HKU1 Infects, Replicates, and Produces Progeny Virions in Human Ciliated Airway Epithelial Cell Cultures. Journal of Virology. 84(21):11255-63.
  28. Pyrc K# Ludzki koronawirus NL63 - Obraz kliniczny i charakterystyka molekularna. 2008, Postępy Mikrobiologii, 47,3, 257-262.
  29. Dijkman R, Jebbink MF, El Idrissi NB, Pyrc K, Muller MA, Kuijpers TW, Zaaijer HL, van der Hoek L; Human coronavirus NL63 and 229E seroconversion in children; Journal of Clinical Microbiology; 2008.
  30. Golda A, Pyrc K; Recent antiviral strategies against human coronavirus – related respiratory illness; Current Opinions in Pulmonary Medicine. 2008;14(3):248-53.
  31. de Vries M, Pyrc K, Berkhout R, Vermeulen-Oost W, Dijkman R, Jebbink MF, Bruisten S, Berkhout B, van der Hoek L; Human parechovirus type 1, 3, 4, 5 and 6 detection in picornavirus cultures; Journal of Clinical Microbiology; 2008, 46(2):759-62
  32. Pyrc K#, Jebbink MF, Berkhout B, van der Hoek L; Detection of new viruses by VIDISCA: virus discovery based on cDNA-amplified fragment length polymorphism; 2008 in: SARS-and Other Coronaviruses, Laboratory Protocols; Methods in Molecular Biology, Vol. 454, Ed. Cavanagh, Dave, ISBN: 978-1-58829-867-6.
  33. Pyrc K, van der Hoek L; Human Coronavirus NL63, a Long Lost Brother; 2007 in: Coronaviruses: Molecular and Cellular Biology, Chapter 15, Ed. Volker Thiel, ISBN: 978-1-904455-16-5
  34. Pyrc K, Berkhout B, van der Hoek L.; Identification of new human coronaviruses; Expert Review of Anti-infective Therapy; 2007, 5(2):245-253.
  35. Pyrc K, Berkhout B, van der Hoek L.; Antiviral Strategies Against Human Coronaviruses; Infectious Disorders - Drug Targets 2007, 7(1): 59-66.
  36. Dijkman R, Jebbink MF, Wilbrink B, Pyrc K, Zaaijer HL, Minor PD, Franklin S, Berkhout B, Thiel V, van der Hoek L.; Human coronavirus 229E encodes a single ORF4 protein between the spike and the envelope genes.; Virology Journal. 2006 Dec 28;3(1):106.
  37. Pyrc K, Berkhout B., and van der Hoek L; The novel human coronaviruses NL63 and HKU1; Journal of Virology. 81(7):3051-7.
  38. van der Hoek L, Sure K, Ihorst G, Stang A, Pyrc K, Jebbink MF, Petersen G, Forster J, Berkhout B, Uberla K.; Human coronavirus NL63 infection is associated with croup.; Advances in experimental medicine and biology. 2006;581:485-91.
  39. Pohlmann S, Gramberg T, Wegele A, Pyrc K, van der Hoek L, Berkhout B, Hofmann H.; Interaction between the spike protein of human coronavirus NL63 and its cellular receptor ACE2.; Advances in experimental medicine and biology. 2006;581:281-4.
  40. Hofmann H, Marzi A, Gramberg T, Geier M, Pyrc K, van der Hoek L, Berkhout B, Pohlmann S.; Attachment factor and receptor engagement of SARS coronavirus and human coronavirus NL63.; Advances in experimental medicine and biology.2006;581:219-27.
  41. Piotrowski Y, van der Hoek L, Pyrc K, Berkhout B, Moll R, Hilgenfeld R.; Nonstructural proteins of human coronavirus NL63.; Advances in experimental medicine and biology. 2006;581:97-100.
  42. Pyrc K., Dijkman R., Deng L., Jebbink MF., Ross HA., Berkhout B. van der Hoek L.; Mosaic structure of human coronavirus NL63, one thousand years of evolution; Journal of Molecular Biology, 2006, 364(5):964-73.
  43. Schildgen O, Jebbink MF, de Vries M, Pyrc K, Dijkman R, Simon A, Muller A, Kupfer B, van der Hoek L.; Identification of cell lines permissive for human coronavirus NL63.; Journal of Virological Methods. 2006; 138(1-2):207-10.
  44. van der Hoek, L., Pyrc K., Berkhout, B.; Human coronavirus NL63, a new respiratory virus.; FEMS Microbiology Reviews, September 2006;30(5): 760-773
  45. van der Hoek, L., Pyrc K., Berkhout, B.; Coronavirus NL63, the new Dutch.; Tijdschrift voor Infectieziekten, July 2006 1(3):108-114
  46. Pyrc K., Bosch BJ., Berkhout B., Jebbink MF., Dijkman R., Rottier P., and van der Hoek L.; Inhibition of Human Coronavirus NL63 Infection at Early Stages of the Replication Cycle; Antimicrobial Agents and Chemotherapy, June 2006;50(6): 2000-2008.
  47. Pyrc K., Berkhout B, van der Hoek L, Molecular characterization of human coronavirus NL63, Recent Research in Infec tion and Immunity, 3(2005): 25-48 ISBN: 81-7895-182-7, Transworld Research Network
  48. van der Hoek L, Sure K, Ihorst G, Stang A, Pyrc K., Jebbink MF, Petersen G, Forster J, Berkhout B, Uberla K., Croup Is Associated with the Novel Coronavirus NL63., PLoS Medicine. 2005 Aug 23;2(8):e240.
  49. Hofmann H, Pyrc K., van der Hoek L, Geier M, Berkhout B, Pohlmann S, Human coronavirus NL63 employs the severe acute respiratory syndrome coronavirus receptor for cellular entry, PNAS Proceedings of the National Academy of Sciences. USA, 102(22):7988-93.
  50. Moes E, Vijgen L, Keyaerts E, Zlateva K, Li S, Maes P, Pyrc K., Berkhout B, van der Hoek L, Van Ranst M.; A novel pancoronavirus RT-PCR assay: frequent detection of human coronavirus NL63 in children hospitalized with respiratory tract infections in Belgium. BMC infectious diseases. 2005 Feb 1;5(1):6.
  51. Pyrc K., Jebbink MF, Berkhout B, van der Hoek L. Genome structure and transcriptional regulation of human coronavirus NL63. Virology Journal. 2004 Nov 17;1(1):7.
  52. van der Hoek L, Pyrc K., Jebbink MF, Vermeulen-Oost W, Berkhout RJ, Wolthers KC, Wertheim-van Dillen PM, Kaandorp J, Spaargaren J, Berkhout B. Identification of a new human coronavirus. Nature Medicine. 2004 Apr;10(4):368-73.
  53. Kapiszewska M., Pyrc K.; Anticancer and antiartherioslosis action of flavonoids. Vegetables and fruits in the nutrition. Medycyna i Spoleczenstwo 2003, Acta Academiae Modrevianae, pp. 101-108

» Wnioski patentowe

  1. P. 413 055: The use of polymers in the treatment and prevention of infections caused by rhinoviruses.
  2. P. 409 016: The use of polymers in the treatment and prevention of infections caused by influenza virus.
  3. P. 409 015: The use of polymers in the treatment and prevention of infections caused by human metapneumovirus virus.
  4. PCT/PL2013/050032. Method of RNA viruses identification and its application.
  5. PCT/PL2013/00064. The use of chitosan polymer in the treatment and prevention of infections caused by coronaviruses.
  6. P 401 707. Method for identification of RNA viruses and its application.
  7. P 399 246. Application of chitosan derivatives for treatment and prophylaxis od coronaviral infection.

Pracownia Wirusologii

fot. Krzysztof Pyrć