Genomics Core Facility świadczy usługi w zakresie analizy DNA i RNA z wykorzystaniem metod sekwencjonowania nowej generacji (NGS) oraz elektroforezy kapilarnej. Nasza oferta skierowana jest do pracowników Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz użytkowników zewnętrznych (ze środowisk akademickich oraz firm).

• sekwencjonowanie całego transkryptomu
• celowane sekwencjonowanie transkryptomu (dostępne dla materiału ludzkiego i mysiego)
• sekwencjonowanie miRNA
• celowane sekwencjonowanie DNA (panele SNP/genowe, amplikony)
• sekwencjonowanie małych genomów
• sekwencjonowanie metagenomu
• inne

• uwierzytelnianie linii komórkowych (profilowanie STR)
• analiza STR
• minisekwencjonowanie Snapshot

• analiza fragmentów DNA/RNA na aparacie 2100 Bioanalyzer
• pomiar stężenia DNA/RNA na fluorometrze Qubit

Po wcześniejszym ustaleniu możemy przeprowadzić również izolację DNA/RNA.

Metoda RNA-Seq pozwala na przeanalizowanie sekwencji wszystkich kodujących i niekodujących RNA obecnych w próbce w określonym czasie. Analizę wykonuje się po uprzednim usunięciu z próbki rybosomalnego RNA lub wzbogaceniu frakcji poli(A) RNA. RNA-Seq umożliwia określenie względnej liczebności zidentyfikowanych cząsteczek RNA, dlatego jest idealnym rozwiązaniem zarówno dla odkrywania nowych transkryptów, jak i analizy ekspresji genów. W przeciwieństwie do mikromacierzy, RNA-Seq nie wymaga użycia specyficznych sond, umożliwiając tym samym wykrywanie nowych transkryptów, fuzji genów, wariantów pojedynczych nukleotydów, indeli i wariantów splicingowych. Ponadto, zapewnia zwiększoną specyficzność i czułość przy zachowaniu informacji o nici źródłowej, co może pomóc np. w zrozumieniu regulacji transkrypcji.

Wymagany materiał:
>10 μg całkowitego RNA wysokiej jakości lub > 20 ng poli(A) RNA lub > 25 ng RNA po rybodeplecji

Doskonała alternatywa dla mikromacierzy oraz RNA-seq, do szybkiego i ekonomicznego sekwencjonowania transkryptomu. Panele Ion AmpliSeq Transcriptome Gene Expression, obejmujące >95% ludzkich/mysich genów RefSeq (prawie 21 000 docelowych RNA), stanowią atrakcyjne rozwiązanie dla naukowców zainteresowanych różnicową analizą ekspresji genów. Zbudowane z krótkich amplikonów panele mogą być użyte nawet dla RNA wyizolowanego z utrwalonych tkanek, takich jak FFPE, i nie wymagają uprzedniej selekcji cząsteczek z ogonem poli(A) ani rybodeplecji.

Wymagany materiał:
50-100 ng całkowitego RNA (najlepiej traktowanego DNazą)

Wykonujemy sekwencjonowanie miRNA w oparciu o zestaw QIAseq miRNA Library Prep firmy Qiagen, który, poprzez wykorzystanie zintegrowanych indeksów molekularnych (UMI), umożliwia precyzyjną analizę różnicową ekspresji oraz odkrywanie nowych miRNA. Zestaw jest zoptymalizowany do przygotowania bibliotek z miRNA i innych cząsteczek RNA o podobnej wielkości z grupą hydroksylową na końcu 3' i grupą fosforanową na końcu 5', takich jak piRNA. Ponadto, zestaw został zaprojektowany tak, aby zminimalizować obecność RNA hY4Y, który często obserwuje się w próbkach surowicy i osocza.

Oferujemy dostęp do bezpłatnych narzędzi służących do pierwotnej i wtórnej analizy danych po sekwencjonowaniu: zliczenia indeksów UMI, mapowania miRNA oraz analizy różnicowej ekspresji.

Wymagany materiał:
>1 ng całkowitego RNA wysokiej jakości (zawierającego frakcję miRNA)

Technologia Ion AmpliSeq oferuje szeroką gamę gotowych do użycia i w pełni konfigurowalnych paneli. Niezależnie od rodzaju próbki (gDNA, cfDNA, FFPE) lub gatunku, z którego pochodzi, panele Ion AmpliSeq są doskonałym narzędziem do wykrywania różnych typów mutacji w zdefiniowanych regionach DNA.

Oprócz zastosowania panelu Ion AmpliSeq, możemy przeprowadzić celowaną analizę DNA poprzez sekwencjonowanie produktu/-ów PCR.

Wymagany materiał:
>1 ng DNA dla panelu Ion AmpliSeq lub 100 ng oczyszczonego produktu/ów PCR

Sekwencjonowanie małych genomów (bakteryjnych, wirusowych itp.) przeprowadzamy z wykorzystaniem krótkich lub długich odczytów, w zależności od potrzeb. Sekwencjonowanie za pomocą krótkich odczytów na MiSeq (Illumina) zapewnia najlepszą możliwą jakość danych, podczas gdy długie odczyty generowane przez MinION (ONT), które są w stanie pokryć warianty strukturalne i sekwencje powtarzalne, a nawet cały genom (<4 Mb), znacznie ułatwiają późniejsze składanie sekwencji in silico.

Wymagany materiał:
>1 ng wysokiej jakości DNA do sekwencjonowania za pomocą krótkich odczytów na MiSeq
>400 ng wysokiej jakości DNA do sekwencjonowania za pomocą długich odczytów na MinION

Sekwencjonowanie całego metagenomu jest doskonałym narzędziem umożliwiającym wgląd w bioróżnorodność i funkcje społeczności występującej w danym środowisku. W przeciwieństwie do ukierunkowanych analiz, takich jak sekwencjonowanie 16S rRNA, dostarcza informacji o sekwencji całej puli genomowego DNA obecnego w próbce. W zależności od celów badawczych oferujemy różne opcje analizy metagenomu:

• głębokie sekwencjonowanie całego metagenomu na platformie Ion Proton (do 100 M odczytów)

wymagany materiał: >100 ng wysokiej jakości DNA

• sekwencjonowanie próbek o małej ilości DNA na MiSeq (do 25 M odczytów)

wymagany materiał: 1 ng wysokiej jakości DNA

• sekwencjonowanie za pomocą długich odczytów na MinION

wymagany materiał: >400 ng wysokiej jakości DNA

Oprócz wyżej wymienionych, standardowych usług NGS, na życzenie możemy przygotować inne rodzaje bibliotek lub zsekwencjonować gotowe biblioteki. Jeśli w naszej ofercie nie ma analizy odpowiadającej Twojemu problemowi badawczemu, skontaktuj się z nami, a my dołożymy wszelkich starań, aby znaleźć rozwiązanie dopasowane do Twoich potrzeb.

Uwierzytelnianie linii komórkowych wykorzystywanych w pracy badawczej ma kluczowe znaczenie dla prowadzenia rzetelnych i powtarzalnych badań, a dodatkowo jest obecnie często wymagane przez czasopisma naukowe przy publikacji wyników. Jest to analiza oparta o profilowanie STR, które umożliwia weryfikację tożsamości i czystości linii komórkowej. Usługa obejmuje amplifikację STR za pomocą systemu GenePrint 10 (Promega), analizę otrzymanego profilu STR pod kątem zanieczyszczenia krzyżowego linii oraz porównanie go z profilami STR ludzkich linii komórkowych w publicznych bazach danych w celu potwierdzenia tożsamości badanej linii.

Wymagany materiał:
>1 ng DNA lub pellet komórkowy (ok. 106 komórek)

Sekwencje mikrosatelitarne (krótkie powtórzenia tandemowe) oferują duży wybór wysoce informatywnych markerów, dlatego ich analiza jest szczególnie użytecznym narzędziem w badaniach asocjacyjnych, ale jest również często wykorzystywana do identyfikacji osobniczej oraz w badaniach pokrewieństwa. Analiza obejmuje amplifikację PCR loci mikrosatelitarnych przy użyciu starterów znakowanych fluorescencyjnie, otrzymane produkty PCR są następnie analizowane przez system do elektroforezy kapilarnej w celu rozdzielenia alleli według wielkości.

Minisekwencjonowanie to popularna metoda mająca zastosowanie nie tylko w badaniach genomicznych, ale także w kryminalistyce, szczególnie przydatna do analizy zdegradowanego DNA lub próbek o niskiej zawartości DNA. System SNaPshot Multiplex umożliwia jednoczesne badanie do 30 markerów SNP przy użyciu techniki SBE. Technika ta polega na wydłużaniu zdefiniowanych przez użytkownika starterów znakowanymi ddNTP o jedną zasadę. Produkty reakcji są następnie rozdzielane za pomocą elektroforezy kapilarnej, a po wykryciu fluorescencji identyfikowane są allele pojedynczego markera. Czułość metody (AF >5%) oraz możliwość multipleksowania sprawiają, że SNaPshot jest idealnym rozwiązaniem do walidacji SNP.

• Platformy NGS:
  • NextSeq 2000 (Illumina)^*
  • Ion Proton (Thermo Fisher Scientific)
  • MiSeq (Ilumina)
  • MinION (Oxford Nanopore Technologies)
• System do elektroforezy kapilarnej: 3500 Series Genetic Analyzer (Applied Biosystems)
• Aparat do qPCR: QuantStudio 12K flex (Applied Biosystems)
• Ocena DNA/RNA: fluorometr Qubit (Invitrogen), 2100 Bioanalyzer (Agilent), spektrofotometr Nanodrop (Thermo Fisher Scientific)
• Inne: homogenizator Precellys 24 Tissue Homogenizer (Bertin Instruments), sonifikator Bioruptor Pico (Diagenode), Pippin Prep (Sage Science)
• * Sprzęt zakupiono przy wsparciu finansowym Priorytetowego Obszaru Badawczego BioS w ramach Programu Strategicznego Inicjatywa Doskonałości w Uniwersytecie Jagiellońskim.