Małopolskie Centrum Biotechnologii (MCB) powstało jako projekt mający na celu utworzenie interdyscyplinarnego ośrodka badawczego umożliwiającego wykonywanie kompleksowych badań na różnych poziomach funkcjonowania organizmu. Małopolskie Centrum Biotechnologii tworzy ponad 20 grup badawczych o zróżnicowanych, ale komplementarnych tematykach badawczych. Obszary działalności naukowej MCB (biotechnologia, choroby zakaźne, bezpieczeństwo żywności, biologia strukturalna, neurobiologia oraz bioinformatyka) wchodzą w skład grupy tematycznej Bio, stanowiącej jeden z czterech „strategicznych obszarów tematycznych badań i rozwoju technologii w Polsce".

W budynku MCB znajdują się laboratoria wyposażone w nowoczesny sprzęt, jak również wysokiej klasy specjalistyczne laboratoria pozwalające m.in. na prowadzenie badań nad patogenami 3 klasy bezpieczeństwa biologicznego, pomieszczenia o wysokiej klasie czystości tzw. clean room. Nowoczesna aparatura pozwala na prowadzenie badań w nowych obszarach nauki, które dotychczas, ze względu na brak wyposażenia były niedostępne (np. badania neuroadaptowalnych technologii czy opracowywanie nowoczesnych metod bioremediacji uwzględniających zastosowanie mikroorganizmów glebowych). Ponadto, infrastruktura dostępna w MCB zapewnia doskonałe warunki pracy naukowców i umożliwia prowadzenia badań naukowych na najwyższym poziomie, jak również pozwala na poszerzenia zakresu prowadzonych projektów we współpracy z przemysłem farmaceutycznym, biotechnologicznym, przetwórstwa żywności, medycyny i ochrony zdrowia. Działalność Małopolskiego Centrum Biotechnologii przyczynia się do również do zwiększenia wykorzystania efektów prac B+R w przedsiębiorstwach.

Misją MCB jest stymulacja współpracy badawczej w ramach Uniwersytetu oraz z innymi polskimi, europejskimi oraz światowymi jednostkami naukowymi. Międzynarodowy Komitet Doradczy, w skład którego wchodzą wybitni naukowcy, jest odpowiedzialny za ocenę dokonań naukowych MCB oraz kształtowanie przyszłości tej unikatowej jednostki badawczej.