Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Laboratorium Proteomiki i Spektrometrii Mas

Lider grupy

Dr hab. Sylwia Kędracka-Krok

e-mail: sylwia.kedracka-krok@uj.edu.pl tel:12 664 61 48

Zespół

Dr Urszula Jankowska – adiunkt, e-mail: urszula.jankowska@uj.edu.pl tel:12 664 60 96
Bożena Skupień-Rabian – techniczna, e-mail: bozena.skupien-rabian@uj.edu.pl tel:12 664 60 96
Bianka Świderska – doktorantka, e-mail: bianka.swiderska@uj.edu.pl tel:12 664 60 96
Gabriela Pruś – doktorantka, e-mail: gabriela.prus@uj.edu.pl tel:12 664 60 96
Cyntia Kubicka – magistrantka
Magdalena Pilch – magistrantka

Główne zainteresowanie Pracowni dotyczy szerokoprzepustowych/wielkoskalowych analiz proteomicznych w aspekcie neurobiologii, w szczególności w kontekście opisu mechanizmu działania leków przeciwdepresyjnych i przeciwpsychotycznych. Stosujemy zarówno techniki żelowe, i tutaj najbardziej zaawansowaną odmianę elektroforezy dwuwymiarowej ze znakowaniem fluorescencyjnym (two dimensional in gel electrophoresis, 2D-DIGE), jak i metody oparte na spektrometrii mas tak znacznikowe, w szczególności technikę z zastosowaniem etykietek izobarycznych (isobaric tags for relative and absolute quantification, iTRAQ), jak i bezzbacznikowe (label-free). Obiektem badań są szczurze i mysie struktury mózgu, modelowe komórki neuronalne czy pierwotne hodowle glejowe.

Oprócz badań nad wpływem stresu czy/lub leków przeciwdepresyjnych na profil białkowy mózgu zwierząt laboratoryjnych lub komórek jednym z głównych tematów naszych zainteresowań jest charakterystyka zaburzeń adaptacyjnego układu immunologicznego w depresji (Major Depression Disorder, MDD). W tym projekcie poszukujemy różnic w proteomie pewnych subpopulacji limfocytów T izolowanych od pacjentów cierpiących na depresję i zdrowych wolontariuszy

Ważnym etapem w powyższym projekcie było opracowanie powtarzalnej procedury izolacji bardzo mało licznych subpopulacji limfocytów T. W następnym niełatwym kroku został opracowany protokół ekstrakcji, oczyszczania i trawienia białek w minimalnej ilości materiału badawczego rzędu 1 g całkowitego białka. Badania te są wykonywane dla różnych grup pacjentów tj. pacjentów w pierwszym epizodzie depresji, pacjentów z nawrotem choroby, pacjentów nieodpowiadających na leczenie. Projekt jest realizowany we współpracy z psychiatrą klinicystą.
Ponadto, we współpracy z wieloma grupami badawczymi przeprowadzamy badania proteomiczne w celu charakterystyki pewnych aspektów biologii komórek między innymi komórek macierzystych czy nowotworowych czy też mikropęcherzyków komórkowych oraz wiele innych.

Plany na przyszłość

W przyszłości zamierzamy skupić się an badaniach subproteom białek jądrowych w aspekcie działa działania leków pojedynczych przeciwpsychotycznych a także w podaniach/traktowaniu skojarzonym.               

Obecnie realizowany projekt

NCN OPUS „Określenie roli subpopulacji limfocytów T (Treg: CD4+CD25+, CD4+CD25- i Teff: Th2) w depresji poprzez badania proteomiczne we krwi pacjentów”.

Wybrane publikacje

  • Kedracka-Krok S, Swiderska B, Jankowska U, Skupien-Rabian B, Solich J, Dziedzicka-Wasylewska M 2016 Stathmin reduction and cytoskeleton rearrangement in rat nucleus accumbens in response to clozapine and risperidone treatment - Comparative proteomic study. Neuroscience. Mar 1; 316:63-81. doi: 10.1016/j.neuroscience.2015.12.028.
  • Jankowska U, Latosińska A, Skupień-Rabian B, Świderska B, Dziedzicka-Wasylewska M, Kedracka-Krok S 2016 Optimized procedure of extraction, purification and proteomic analysis of nuclear proteins from mouse brain. Journal of Neuroscience Methods. Mar 1; 261:1-9. doi: 10.1016/j.jneumeth.2015.12.002.
  • Skupien-Rabian B, Jankowska U, Swiderska B, Lukasiewicz S, Ryszawy D, Dziedzicka-Wasylewska M, Kedracka-Krok S 2016 Proteomic and bioinformatic analysis of a nuclear intrinsically disordered proteome. Journal of Proteomics. Jan 1;130:76-84. doi: 10.1016/j.jprot.2015.09.004.
  • Kedracka-Krok S, Swiderska B, Jankowska U, Skupien-Rabian B, Solich J, Buczak K, Dziedzicka-Wasylewska M 2015 Clozapine influences cytoskeleton structure and calcium homeostasis in rat cerebral cortex and has a different proteomic profile than risperidone.Journal of Neurochemistry. Mar; 132(6):657-76. doi: 10.1111/jnc.13007.
  • Kedracka-Krok S, Jankowska U, Elas M, Sowa U, Swakon J, Cierniak A, Olko P, Romanowska-Dixon B, Urbanska K. 2014 Proteomic analysis of proton beam irradiated human melanoma cells. PLoS One. Jan 2;9(1):e84621. doi: 10.1371/journal.pone.0084621.
  • Kedracka-Krok S, Fic E, Jaciuk M, Jankowska U, Gruca P, Papp M, Kusmider M, Solich J, Debski J, Dadlez M, and Dziedzicka-Wasylewska 2010 Effect of chronic mild stress and imipramine on the proteome of the rat dentate gyrus. M. Journal of Neurochemistry. May; 113(4):848-59. doi: 10.1111/j.1471-4159.2010.06652.x. 
  • Fic E, Kedracka-Krok S, Jankowska U, Pirog A, and Dziedzicka-Wasylewska M. 2010 Comparison of methods for proteins precipitation of various rat brain structures prior to proteomic analysis. Electrophoresis. Oct; 31(21):3573-9. doi: 10.1002/elps.201000197.

Publikacje

  • Swiderska B, Kedracka-Krok S, Panz T, Morgan AJ, Falniowski A, Grzmil P, Plytycz B. 2017 Lysenin family proteins in earthworm coelomocytes - Comparative approach. Dev Comp Immunol. Aug 24. pii: S0145-305X(16)30257-9. doi: 10.1016/j.dci.2016.08.011.
  • Swiderska B, Kedracka-Krok S, Plytycz B. 2016 Data on proteins of lysenin family in coelomocytes of Eisenia andrei and E. Fetida obtained by tandem mass spectrometry coupled with liquid chromatography Data in Brief
  • Zimolag E, Borowczyk-Michalowska J, Kedracka-Krok S, Skupien-Rabian B, Karnas E, Lasota S, Sroka J, Drukala J, Madeja Z. 2017 Electric field as a potential directional cue in homing of bone marrow-derived mesenchymal stem cells to cutaneous wounds. Biochim Biophys Acta 1864(2):267-279. doi: 10.1016/j.bbamcr.2016.11.011
  • Sroka J, Krecioch I, Zimolag E, Lasota S, Rak M, Kedracka-Krok S, Borowicz P, Gajek M, Madeja Z. 2016 Lamellipodia and Membrane Blebs Drive Efficient Electrotactic Migration of Rat Walker Carcinosarcoma Cells WC 256. PLoS One. Feb 10;11(2):e0149133. doi: 10.1371/journal.pone.0149133.
  • Bobis-Wozowicz S, Kmiotek K, Sekula M, Kedracka-Krok S, Kamycka E, Adamiak M, Jankowska U, Madetko-Talowska A, Sarna M, Bik-Multanowski M, Kolcz J, Boruczkowski D, Madeja Z, Dawn B, Zuba-Surma EK. 2015 Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Microvesicles Transmit RNAs and Proteins to Recipient Mature Heart Cells Modulating Cell Fate and Behavior. Stem Cells. Sep; 33(9):2748-61. doi: 10.1002/stem.2078.
  • Labedz-Maslowska A, Lipert B, Berdecka D, Kedracka-Krok S, Jankowska U, Kamycka E, Sekula M, Madeja Z, Dawn B, Jura J, Zuba-Surma EK. 2015 Monocyte Chemoattractant Protein-Induced Protein 1 (MCPIP1) Enhances Angiogenic and Cardiomyogenic Potential of Murine Bone Marrow-Derived Mesenchymal Stem Cells. PLoS One. Jul 27;10(7):e0133746. doi: 1.1371/journal.pone.0133746.
  • Ryszawy D, Sarna M, Rak M, Szpak K, Kędracka-Krok S, Michalik M, Siedlar M, Zuba-Surma E, Burda K, Korohoda W, Madeja Z, Czyż J. 2014 Functional links between Snail-1 and Cx43 account for the recruitment of Cx43-positive cells into the invasive front of prostate cancer. Carcinogenesis. Sep;35(9):1920-30. doi:0.1093/carcin/bgu033.
  • Wieczorek E, Kędracka-Krok S, Sołtys K, Jankowska U, Hołubowicz R, Seliga J, Ożyhar A. 2016 Is Transthyretin a Regulator of Ubc9 SUMOylation? PLoS One. Aug 8;11(8):e0160536. doi: 10.1371/journal.pone.0160536. eCollection 2016.
  • Bonar E, Wojcik I, Jankowska U, Kedracka-Krok S, Bukowski M, Polakowska K, Lis MW, Kosecka-Strojek M, Sabat AJ, Dubin G, Friedrich AW, Miedzobrodzki J, Dubin A, Wladyka B. 2016 Identification of Secreted Exoproteome Fingerprints of Highly-Virulent and Non-Virulent Staphylococcus aureus Strains. Front Cell Infect Microbiol. May 6; 6:51. doi: 10.3389/fcimb.2016.00051. eCollection 2016
  • Solich J, Kolasa M, Kusmider M, Pabian P, Faron-Gorecka A, Zurawek D, Szafran-Pilch K, Kedracka-Krok S, Jankowska U, Swiderska B, Dziedzicka-Wasylewska M. 2015 Life-long norepinephrine transporter (NET) knock-out leads to the increase in the NET mRNA in brain regions rich in norepinephrine terminals. European Neuropsychopharmacology. Aug; 25(8):1099-108. doi: 10.1016/j.euroneuro. 2015.04.019.
  • Domżalska L, Kędracka-Krok S, Jankowska U, Grzyb M, Sobczak M, Rybczyński JJ, Mikuła A. 2017 Proteomic analysis of stipe explants reveals differentially expressed proteins involved in early direct somatic embryogenesis of the tree fern Cyathea delgadii Sternb. Plant Sci. May; 258:61-76. doi: 10.1016/j.plantsci.2017.01.017.
  • Łukasiewicz S, Faron-Górecka A, Kędracka-Krok S, Dziedzicka-Wasylewska M. 2011 Effect of clozapine on the dimerization of serotonin 5-HT2A receptor and its genetic variant 5-HT2AH425Y with dopamine D2 receptor. European Journal of Pharmacology. Jun 1;659(2-3):114-23. doi: 10.1016/j.ejphar.2011.03.038.
  • Łukasiewicz S, Polit A, Kędracka-Krok S, Wędzony K, Maćkowiak M, Dziedzicka-Wasylewska M. 2010 Hetero-dimerization of serotonin 5-HT2A and dopamine D2 receptors – in vitro fluorescence studies. Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Cell Research. Dec;1803(12):1347-58. doi: 10.1016/j.bbamcr.2010.08.010.