Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Laboratorium ds. Badań nad Zmiennością Genomu Ludzkiego

Lider grupy

Professor Wojciech Branicki

T: +4812 664 6111 

E: wojciech.branicki@uj.edu.pl

Zespół badawczy

  • Wojciech Branicki – group leader
    wojciech.branicki@uj.edu.pl
    T. 12664 6111
  • Agata Jarosz – technician
    agata.1.jarosz@uj.edu.pl
    T. 12664 6113
  • Magdalena Kukla-Bartoszek – PhD student
    magda.kukla@doctoral.uj.edu.pl
    T. 12664 6113
  • Ewelina Pośpiech – PostDoc
    ewelina.pospiech@uj.edu.pl
    T. 12664 6113

Badania

Grupa HGVR koncentruje się na badaniach genetycznej i epigenetycznej zmienności genomu człowieka kształtującej cechy fenotypowe oraz wpływie starzenia się organizmu na zmianę fenotypu. Rozwój technologii wysoko-przepustowego sekwencjonowania DNA sprawił, że możliwe stało się badanie zmienności DNA na wielką skalę. W konsekwencji pozwala to na rozwój złożonych systemów predykcyjnych polegających na analizie dużej liczby markerów. Pozyskane dane na temat zmienności DNA są wykorzystywane do modelowania matematycznego, którego celem w obszarze nauk medycznych jest precyzyjna ocena ryzyka rozwoju choroby, oraz predykcja i prognoza dla pacjenta. W kryminalistyce rozwijana jest predykcyjna analiza DNA pozwalająca na przybliżenie cech fenotypowych nieznanej osoby poprzez analizę DNA. Grupa HGVR prowadzi analizy umożliwiające śledzenie nieznanych osób poprzez predykcję za pomocą markerów DNA ich pochodzenia ancestralnego, wyglądu fizycznego i wieku.               

Plany na przyszłość

Grupa HGVR planuje kontynuację badań nad predykcyjną analizą DNA w kryminalistyce i antropologii, a w szczególności opracowanie bardziej dokładnych modeli predykcyjnych, które będą uwzględniać informacje o pochodzeniu ancestralnym, wyglądzie oraz wieku. Planujemy poszerzenie wykorzystania wysoko-przepustowego sekwencjonowania DNA do badań nad zmiennością genomu człowieka, w tym metylacji DNA oraz zacieśnienie współpracy z nowo powstałą grupą bioinformatyczą w MCB.               

Granty

  • NCN SONATA 2014/15/D/NZ8/00282 – PI: Ewelina Pośpiech
  • NCBiR DOB-BIO7/17/01/2015 – PI: Wojciech Branicki
  • UE H2020 no 740580; Topic: SEC-08-FCT-2016 Call: H2020-SEC-2016-2017 (SECURITY). PI: Wojciech Branicki

Centrum Genomiczne MCB

Grupa HGVR oferuje usługi w zakresie badań genomicznych, transkryptomicznych oraz genetyki sądowej. Z szczegółami oferty Centrum Genomicznego MCB można zapoznać się pod adresem – Genomics Centre MCB

Wybrane publikacje

  • Spólnicka M, Piekarska RZ, Jaskuła E, Basak GW, Jacewicz R, Pięta A, Makowska Ż, Jedrzejczyk M, Wierzbowska A, Pluta A, Robak T, Berent J, Branicki W, Jędrzejczak W, Lange A, Płoski R. Donor age and C1orf132/MIR29B2C determine age-related methylation signature of blood after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. Clin Epigenetics. 2016; 8: 93. doi: 10.1186/s13148-016-0257-7.
  • Pośpiech E, Karłowska-Pik J, Ziemkiewicz B, Kukla M, Skowron M, Wojas-Pelc A, Branicki W. Further evidence for population specific differences in the effect of DNA markers and gender on eye colour prediction in forensics. Int J Legal Med. 2016; 130(4): 923-34. doi: 10.1007/s00414-016-1388-2.
  • Walsh S, Pośpiech E, Branicki W. Hot on the Trail of Genes that Shape Our Fingerprints. Journal of Investigative Dermatology, 2016, 136: 740-742. doi: 10.1016/j.jid.2015.12.044.
  • Santos C, Fondevila M, Ballard D, Banemann R, Bento AM, Børsting C, Branicki W, Brisighelli F, Burrington M, Capal T, Chaitanya L, Daniel R, Decroyer V, England R, Gettings KB, Gross TE, Haas C, Harteveld J, Hoff-Olsen P, Hoffmann A, Kayser M, Kohler P, Linacre A, Mayr-Eduardoff M, McGovern C, Morling N, O'Donnell G, Parson W, Pascali VL, Porto MJ, Roseth A, Schneider PM, Sijen T, Stenzl V, Court DS, Templeton JE, Turanska M, Vallone PM, van Oorschot RA, Zatkalikova L, Carracedo Á, Phillips C; EUROFORGEN-NoE Consortium. Forensic ancestry analysis with two capillary electrophoresis ancestry informative marker (AIM) panels: Results of a collaborative EDNAP exercise. Forensic Sci Int Genet. 2015, 19: 56-67.
  • Tagliabue E., Concetta Fargnoli M., Gandini S., Maisonneuve P., Liu F., Kayser M., Nijsten T., Han J., Kumar R., A. Gruis N., Ferrucci L., Branicki W., Dwyer T., Blizzard L., Helsing P., Autier P., García-Borrón J., A. Kanetsky P., Teresa Landi M., Little J., Newton-Bishop J., Sera F., Raimondi S. MC1R gene variants and non melanoma skin cancer: a pooled-analysis from the M-SKIP project”. British Journal of Cancer, 2015, 113(2): 354-63.
  • Zbieć-Piekarska R, Spólnicka M, Kupiec T, Agnieszka Parys-Proszek A, Żanetta Makowska Ż, Pałeczka A, Kucharczyk K, Płoski R, Branicki W. Development of a forensically useful age prediction method based on DNA methylation analysis. Forensic Sci Int Genet. 2015, 17: 173-179.
  • Marcińska M, Pośpiech E, Abidi S, Dyrberg Andersen J, van den Berge M, Carracedo Á, Eduardoff M, Marczakiewicz-Lustig A, Morling N, Sijen T, Skowron M, Söchtig J, Syndercombe-Court D, Weiler N, The EUROFORGEN-NoE Consortium; Schneider P, Ballard D, Børsting C, Parson W, Phillips C, Branicki W. Evaluation of DNA variants associated with androgenetic alopecia and their potential to predict male pattern baldness. PLoS ONE 2015, 10(5): e0127852.
  • Pośpiech E., Karłowska-Pik J., Marcińska M., Abidi S., Andersen JD., van den Berge M., Carracedo Á., Eduardoff M., Freire-Aradas A., Morling N., Sijen T., Skowron M., Söchtig J., Syndercombe-Court D., Weiler N., Schneider PM., Ballard D., Børsting C., Parson W., Phillips C., Branicki W., EUROFORGEN-NoE Consortium. Evaluation of the predictive capacity of DNA variants associated with straight hair in Europeans. Forensic Sci Int Genet. 2015, 19: 280-8.
  • Kosiniak-Kamysz A, Marczakiewicz-Lustig A, Marcińska M, Skowron M, Wojas-Pelc A, Pośpiech E, Branicki W. Increased risk of developing cutaneous malignant melanoma is associated with variation in pigmentation genes and VDR, and may involve epistatic effects. Melanoma Res. 2014, 24(4): 388-96.
  • Pośpiech E., Wojas-Pelc A., Walsh S., Liu F., Maeda H., Ishikawa T., Skowron M., Kayser M., Branicki W., The common occurrence of epistasis in the determination of human pigmentation and its impact on DNA-based pigmentation phenotype prediction. Forensic Sci Int Genet., 2014, 11: 64-72.
  • Kosiniak-Kamysz A., Pośpiech E., Wojas-Pelc A., Marcińska M., Branicki W. Potential association of single nucleotide polymorphisms in pigmentation genes with the development of basal cell carcinoma. The Journal of Dermatology, 2012, 39: 693-698. 
  • Pośpiech E., Draus-Barini J., Kupiec T., Wojas-Pelc A., Branicki W. Prediction of eye color from genetic data using Bayesian approach. Journal of Forensic Sciences, 2012, 57: 880-886.
  • Pośpiech E., Draus-Barini J., Kupiec T., Wojas-Pelc A., Branicki W. Gene-gene interactions contribute to eye colour variation in humans. Journal of Human Genetics, 2011, 56: 447-55.
  • Branicki W, Liu F, van Duijn K, Draus-Barini J, Pośpiech E, Kupiec T, Wojas-Pelc A, Kayser M. Model-based prediction of human hair color using DNA variants. Hum Genet. 2011, 129(4): 443-54.
  • Bogdanowicz W, Allen M, Branicki W, Lembring M, Gajewska M, Kupiec T. Genetic identification of putative remains of the famous astronomer Nicolaus Copernicus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009, 106(30): 12279-82.