Do corocznej akcji MetaSUB global City Sampling Day (gCSD), zsynchronizowanej w jednym dniu na całym świecie, już 22 czerwca dołączy miasto Kraków. Akcja ma na celu zebranie wymazów z mikrobiologicznymi „odciskami palców” przestrzeni miejskiej z powierzchni użytkowych w otoczeniu transportu publicznego.
Global City Sampling Day (gCSD)
gCSD to doroczny projekt, w którym w tym samym dniu na całym świecie naukowcy, badacze, studenci i inni przeszkoleni obywatele wyruszają w przestrzeń miejską w celu zebrania próbek środowiskowych. 
Próbki w postaci wymazów pobranych za pomocą patyczka z miejsc takich, jak biletomatyczy elementy przystanków komunikacji publicznej (tramwajowe, metra itp.), a także próbki powietrza pobrane z wykorzystaniem specjalnych urządzeń, są następnie sekwencjonowane i analizowane w celu opracowania mapy metagenomicznej określającej społeczności mikroorganizmów. Dane te są szczególnie pomocne w zrozumieniu interakcji człowieka ze światem drobnoustrojów w miastach. Wyniki z obecnej edycji mogą być szczególnie ciekawe ze względu na możliwość wykrycia obecności wirusa SARS-Cov-2 w przestrzeniach publicznych.
Wolontaiusze pobierający próbki środowiskowe z biletomatu podczas global City Samplig Day (źródło: MetaSUB Consortium).
gCSD 2020 z udziałem miasta Krakowa
W celu zebrania próbek na tak ogromną skalę, projekt gCSD opiera się w dużej mierze na członkach MetaSUB International Consortium oraz sponsorach zapewniających niezbędne materiały. Dr hab. inż. Paweł Łabaj, kierownik Grupy Bioinformatyki w Małpolskim Centrum Biotechnologii, jest krajowym koordynatorem konsorcjum MetaSUB i współzałożycielem stowarzyszenia MetaSUB Europe, a jednocześnie inicjatorem i głównym organizatorem gCSD w Krakowie. Kraków to pierwsze innych w Polsce biorące udział w akcji obok kilkudziesięciu miast takich jak Nowy Jork, Berlin, Hong Kong, Tokio czy Buenos Aires. Projekt nie byłby możliwy bez czynnej współpracy z przedstawicielami samorządów i przedsiębiorstw: Wydziałem ds. Przedsiębiorczości i Innowacji Urzędu Miasta Krakowa, Zarządem Transportu Publicznego w Krakowie i Miejskim Przedsiębiorstwem Komunikacyjnym w Krakowie.
Wybrane lokalizacje
Wolontariuszy z identyfikatorem gCSD 2020 spotkamy 22 czerwca pobierających wymazy na przystankach i pętlach tramwajowych z biletomatów, siedzeń, poręczy, uchwytów, zlokalizowanych na trasach linii tramwajowych 52, 50 i 14. Kolejne próbki zebrane próbnikiem powietrza wolontariusze pozyskają w tunelach zlokalizowanych w okolicy Dworca Głównego. Lokalizacje zostały wybrane na podstawie obciążania dobowego ruchu, przebiegu tras linii tramwajowych oraz położenia względem miejsc, w okolicy których można spodziewać się większej bioróżnorodności organizmów. Postęp zbierania próbek w miastach biorących udział w gCSD na całym świecie będzie można śledzić na mapie online. Zebrane próbki i dane z nich wytworzone będą oceniane w kontekście wyników otrzymanych z próbek z ponad 50 środowisk miejskich ze wszystkich 6 głównych kontynentów.
Mapa lokalizacji pobierania próbek: a) przebieg linii tramwajowych (linia czerwona - 52, linia zielona - 14, flinia fioletowa - 50), przystanków i pętli (niebieskie koła) wzdłuż tras wytypowanyc jako miejsca zbierania próbek oraz okolica Dworca Głównego, w której próbki zebrane zostaną z powietrza za pomocą specjalnych urządzeń (mapa ciepła); b) miejsca pobrania próbek z powietrza w tunelach w pobliżu Dworca Głównego (mapa ciepła).
Mapy środowiskowe miast
W ciągu ostatnich kilku lat praca badaczy konsorcjum MetaSUB pokazała między innymi specyficzność gatunkową niektórych obszarów miast, w tym pozwoliła na wykrycie nowych społeczności i składników środowiska, mikrobiologiczną skalę zdarzeń środowiskowych, aplikowalność w kryminalistyce oraz w oznaczaniu obecności szczepów/patogenów lekoopornych (więcej w tej publikacji). Ponadto w preprincie publikacji współautorstwa m.in. prof. Wojciecha Branickiego (MCB) , i dr. inż. Pawła Łabaja (MCB, MetaSUB), omówiono istniejące narzędzia dochodzeniowo-śledcze wykorzystujące materiał (meta-)genetyczny w kryminalistyce. Chociaż istnieje duże zainteresowanie i potencjał dla tych powstających narzędzi kryminalistycznych, przed ich wdrożeniem należy ustalić najlepsze praktyki i zakresy referencyjne. Staje się to możliwe wraz z konkursem bioinformatycznym CAMDA Metagenomic Geolocation Challenge, w którym uczestnicy jako materiał konkursowy otrzymuja bazę tysięcy sekwencji kodu genetycznego (terabajty danych) pochodzących z wielu gCSD, stanowiącą unikalne źródło badań nad bioróżnorodnością w obrębie i pomiędzy lokalizacjami geograficznymi, a także niszami ekologicznymi.