Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Poznamy mikrobiologiczny odcisk palca Krakowa podczas MetaSUB global City Sampling Day 22 czerwca

Poznamy mikrobiologiczny odcisk palca Krakowa podczas MetaSUB global City Sampling Day 22 czerwca

Do corocznej akcji MetaSUB global City Sampling Day (gCSD), zsynchronizowanej w jednym dniu na całym świecie, już 22 czerwca dołączy miasto Kraków. Akcja ma na celu zebranie wymazów z mikrobiologicznymi „odciskami palców” przestrzeni miejskiej z powierzchni użytkowych w otoczeniu transportu publicznego.

Global City Sampling Day (gCSD)

gCSD to doroczny projekt, w którym w tym samym dniu na całym świecie naukowcy, badacze, studenci i inni przeszkoleni obywatele wyruszają w przestrzeń miejską w celu zebrania próbek środowiskowych.  

Próbki w postaci wymazów pobranych za pomocą  patyczka z miejsc takich, jak biletomatyczy elementy przystanków komunikacji publicznej (tramwajowe, metra itp.), a także próbki powietrza pobrane z wykorzystaniem specjalnych urządzeń, są następnie sekwencjonowane i analizowane w celu opracowania mapy metagenomicznej określającej społeczności mikroorganizmów. Dane te są szczególnie pomocne w zrozumieniu interakcji człowieka ze światem drobnoustrojów w miastach. Wyniki z obecnej edycji mogą być szczególnie ciekawe ze względu na możliwość wykrycia obecności wirusa SARS-Cov-2 w przestrzeniach publicznych.

Wolontaiusze pobierający próbki środowiskowe z biletomatu podczas global City Samplig Day (źródło: MetaSUB Consortium).

gCSD 2020 z udziałem miasta Krakowa

W celu zebrania próbek na tak ogromną skalę, projekt gCSD opiera się w dużej mierze na członkach MetaSUB International Consortium oraz sponsorach zapewniających niezbędne materiały. Dr hab. inż. Paweł Łabaj, kierownik Grupy Bioinformatyki w Małpolskim Centrum Biotechnologii, jest krajowym koordynatorem konsorcjum MetaSUB i współzałożycielem stowarzyszenia MetaSUB Europe, a jednocześnie inicjatorem i głównym organizatorem gCSD w Krakowie. Kraków to pierwsze innych w Polsce biorące udział w akcji obok kilkudziesięciu miast takich jak Nowy Jork, Berlin, Hong Kong, Tokio czy Buenos Aires. Projekt nie byłby możliwy bez czynnej współpracy z przedstawicielami samorządów i przedsiębiorstw: Wydziałem ds. Przedsiębiorczości i Innowacji Urzędu Miasta Krakowa, Zarządem Transportu Publicznego w Krakowie i Miejskim Przedsiębiorstwem Komunikacyjnym w Krakowie.

Wybrane lokalizacje

Wolontariuszy z identyfikatorem gCSD 2020 spotkamy 22 czerwca pobierających wymazy na przystankach i pętlach tramwajowych z biletomatów, siedzeń, poręczy, uchwytów, zlokalizowanych na trasach linii tramwajowych 52, 50 i 14. Kolejne próbki zebrane próbnikiem powietrza wolontariusze pozyskają w tunelach zlokalizowanych w okolicy Dworca Głównego. Lokalizacje zostały wybrane na podstawie obciążania dobowego ruchu, przebiegu tras linii tramwajowych oraz położenia względem miejsc, w okolicy których można spodziewać się większej bioróżnorodności organizmów. Postęp zbierania próbek w miastach biorących udział w gCSD na całym świecie będzie można śledzić na mapie online. Zebrane próbki i dane z nich wytworzone będą oceniane w kontekście wyników otrzymanych z próbek z ponad 50 środowisk miejskich ze wszystkich 6 głównych kontynentów. 

Mapa lokalizacji pobierania próbek: a) przebieg linii tramwajowych (linia czerwona - 52, linia zielona - 14, flinia fioletowa - 50), przystanków i pętli (niebieskie koła) wzdłuż tras wytypowanyc jako miejsca zbierania próbek oraz okolica Dworca Głównego, w której próbki zebrane zostaną z powietrza za pomocą specjalnych urządzeń (mapa ciepła); b) miejsca pobrania próbek z powietrza w tunelach w pobliżu Dworca Głównego (mapa ciepła).

Mapy środowiskowe miast

W ciągu ostatnich kilku lat praca badaczy konsorcjum MetaSUB pokazała między innymi specyficzność gatunkową niektórych obszarów miast, w tym pozwoliła na wykrycie nowych społeczności i składników środowiska, mikrobiologiczną skalę zdarzeń środowiskowych, aplikowalność w  kryminalistyce oraz w oznaczaniu obecności szczepów/patogenów lekoopornych (więcej w  tej publikacji). Ponadto w preprincie publikacji współautorstwa m.in. prof. Wojciecha Branickiego (MCB) , i dr. inż. Pawła Łabaja (MCB, MetaSUB), omówiono istniejące narzędzia dochodzeniowo-śledcze wykorzystujące materiał (meta-)genetyczny w kryminalistyce. Chociaż istnieje duże zainteresowanie i potencjał dla tych powstających narzędzi kryminalistycznych, przed ich wdrożeniem należy ustalić najlepsze praktyki i zakresy referencyjne. Staje się to możliwe wraz z konkursem bioinformatycznym CAMDA Metagenomic Geolocation Challenge, w którym uczestnicy jako materiał konkursowy otrzymuja bazę tysięcy sekwencji kodu genetycznego (terabajty danych) pochodzących z wielu gCSD, stanowiącą unikalne źródło badań nad bioróżnorodnością w obrębie i pomiędzy lokalizacjami geograficznymi, a także niszami ekologicznymi.