Zespół naukowców z Małopolskiego Centrum Biotechnologii, koordynowany przez prof. dr hab. Krzysztofa Pyrcia zakończył realizację projektu monitorowania zmienności genetycznej wirusa SARS-CoV-2.
Reprezentatywne dla całego kraju próbki były sukcesywnie gromadzone i analizowane we współpracy z GIS oraz laboratoriami diagnostycznymi firmy Diagnostyka. W zakresie usług sekwencjonowania projekt wspierały laboratoria firm: Diagtron Laboratoria Łukasz Rąbalski oraz genXone SA. Uzyskane informacje posłużyły do lepszego zrozumienia wydarzeń w kraju, ale również do rozszerzenia analiz prowadzonych na całym świecie i uwzględnienia w nich Polski. Wszystkie dane były przekazywane bezpośrednio do stron: Agencji Badań Medycznych, Ministerstwa Zdrowia, jak również udostępniane dla wszystkich zainteresowanych poprzez bazę danych GisAid oraz wizualizacje na stronie http://sarswpolsce.pl/.
W krakowskim ośrodku prace nad sekwencjowaniem i monitorowaniem zmienności wirusa podjęto już na początku 2020 roku, kiedy to jako jeden z pierwszych ośrodków rozpoczęliśmy analizę zmienności genetycznej wirusa oraz analizy pozwalające na ocenę powiązań pomiędzy genotypem i fenotypem.
W ramach projektu zebrano w sumie 9558 próbek zawierających wirusa SARS-CoV-2, które po wstępnej ocenie posłużyły do uzyskania 8337 sekwencji wirusa. Dzięki sprawnej organizacji oraz optymalizacji kosztów udało się zrealizować założone cele, a liczba przeanalizowanych próbek przekroczyła zakładaną. W okresie monitoringu zaobserwowano obecność 132 odrębnych wariantów wirusa SARS-CoV-2, spośród których 97,5% stanowiły warianty niebezpieczne (VOC). Największy odsetek, tj. 38,3% wszystkich próbek, stanowił wariant Delta. Było to bezpośrednio związane z okresem realizacji projektu, który obejmował głównie jesienną falę zakażeń. Dwa pozostałe najczęściej wykrywane warianty, Alfa oraz Omikron, stanowiły kolejno: 37,7% oraz 21,2%.
-
Głównym celem naszego działania był monitoring zmienności wirusa w czasie, jednak oprócz tego uzyskane dane i prowadzone analizy pozwoliły na przygotowanie serii prac badawczych w najlepszych periodykach naukowych.Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020. Alm E, Broberg EK, Connor T, Hodcroft EB, Komissarov AB, Maurer-Stroh S, Melidou A, Neher RA, O'Toole Á, Pereyaslov D; WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group; WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group*. Euro Surveill. 2020;25(32):2001410.
IF=21,286 -
The SARS-CoV-2 ORF10 is not essential in vitro or in vivo in humans. Pancer K, Milewska A, Owczarek K, Dabrowska A, Kowalski M, Łabaj PP, Branicki W, Sanak M, Pyrc K. PLoS Pathog. 2020;16(12):e1008959.
IF=7,464 -
Expansion of a SARS-CoV-2 Delta variant with an 872 nt deletion encompassing ORF7a, ORF7b and ORF8, Poland, July to August 2021. Mazur-Panasiuk N, Rabalski L, Gromowski T, Nowicki G, Kowalski M, Wydmanski W, Szulc P, Kosinski M, Gackowska K, Drweska-Matelska N, Grabowski J, Piotrowska-Mietelska A, Szewczyk B, Bienkowska-Szewczyk K, Swadzba J, Labaj P, Grzybek M, Pyrc K. Euro Surveill. 2021;26(39):2100902.
IF=21,286 -
Zoonotic spill-over of SARS-CoV-2: mink-adapted virus in humans. Rabalski L, Kosinski M, Mazur-Panasiuk N, Szewczyk B, Bienkowska-Szewczyk K, Kant R, Sironen T, Pyrc K, Grzybek M. Clin Microbiol Infect. 2022;28(3):451.e1-451.e4.
IF=13,310
Projekt był realizowany w okresie 01.02.2021 – 31.04.2022 r. dzięki dofinansowaniu ze środków budżetu państwa od Agencji Badań Medycznych, nr projektu: 2020/ABM/COVID19/UJ.
Zespół badawczy:
prof. dr hab. Krzysztof Pyrć – zarządzanie projektem i planowanie
prof. dr hab. Wojciech Branicki – technologia sekwencjonowania oraz kontrola jakości
dr hab. inż. Paweł Łabaj – bioinformatyka
dr Natalia Mazur - Panasiuk – obieg informacji i materiałów
Wsparcie naukowe, techniczne i administracyjne:
dr Tomasz Gromowski
mgr Michał Kowalski
Witold Wydmański
Piotr Szulc
mgr Sylwia Januszczak
mgr Paulina Krzanowska
Ogłoszenie o realizacji projektu
